第二银河的主线剧情共分为8个章节，每个章节包含若干任务节点，完整体验需完成全部主线及支线内容。主线剧情围绕警备队探员的视角展开，从初入源点星域到揭露宇宙深处的阴谋，逐步呈现五大势力间的政治博弈与神秘巨舰的威胁。章节推进伴随角色等级解锁，后期章节需达到特定条件才能开启。
游戏初期的主线任务以新手引导为主，帮助玩家熟悉基础操作和世界观设定。从第三章开始，剧情深度明显增加，涉及新欧罗巴联邦与天启帝国的历史矛盾、晨曦经合体的商业扩张等核心冲突。第五章后剧情转向星际合众国的崛起与泰坦帝国遗迹的探索，最终章节则聚焦于银河大议会与未知威胁的终极对抗。任务形式包括对话、星域探索、舰队战斗等，部分关键节点需完成特定战斗或解谜。
支线剧情以故事任务形式存在，独立于主线但补充世界观细节。例如斯瓦罗斯共和国的反抗史、海盗势力的背景故事等。这些任务需主动触发且条件隐蔽，部分需通过声望系统或星系扫描解锁。完成主线与支线可获得舰船蓝图、稀有装备及科研资源，但剧情本身无重复体验价值，仅首次通关奖励丰厚。
剧情推进受玩家选择影响较小，但部分对话选项会轻微改变任务奖励或后续对话内容。建议优先完成主线以解锁全星系探索权限，再逐步清理支线。若卡关可提升舰船等级或调整装备配置，部分高难度剧情战斗需依赖团队协作。整体剧情时长约30-40小时，具体取决于玩家对探索和战斗的熟练度。
