制作蜂蜜需要先获取蜂巢或蜂箱，这是蜂蜜的唯一来源。蜂巢通常生成于平原、向日葵平原和繁花森林生物群系的橡树或白桦树上，外观为悬挂在树干上的六边形结构。找到蜂巢后需等待蜜蜂完成采蜜，蜂巢表面会出现蜂蜜滴落的粒子效果，表明已可采集。采集工具为玻璃瓶，对准蜂巢右键点击即可获得蜂蜜瓶。注意直接采集会激怒蜜蜂，建议在蜂巢下方放置营火，烟雾能使蜜蜂进入平静状态避免攻击。
制作人工蜂箱是稳定获取蜂蜜的关键步骤。使用剪刀右键采集野外蜂巢可获得蜜脾，将3个蜜脾与6块木板按工作台3x3网格摆放即可合成蜂箱。蜂箱需放置在花朵附近吸引野生蜜蜂，或用拴绳牵引蜜蜂至蜂箱旁。蜜蜂入住后会主动采集周围花朵的花粉，每次采粉后返回蜂箱会增加蜂蜜储量。与自然蜂巢相同，蜂箱储满后表面会出现蜂蜜渗出效果，用玻璃瓶右键采集可获得蜂蜜瓶。蜂箱周围需保持至少一朵花的种植以确保蜜蜂持续工作。
将4个蜂蜜瓶按2x2网格摆放可合成蜂蜜块，具有减缓实体移动速度的特性，常用于陷阱或防坠落装置。逆向操作可将1个蜂蜜块分解为4个蜂蜜瓶。蜂蜜瓶可直接饮用，恢复6点饥饿值与1.2点饱和度，并能消除中毒状态。饮用时间比普通食物长25%，且会发出独特音效。蜂蜜瓶还可用于合成糖，但需通过工作台将单个蜂蜜瓶转换为糖。
利用红石比较器检测蜂箱信号强度（储满时为5级），连接发射器装载玻璃瓶可实现自动采集。标准设计包含蜂箱阵列、红石电路、物品收集漏斗三部分，需注意用方块隔离发射器防止蜂蜜瓶弹出。当蜂箱储满时，红石信号会触发发射器将玻璃瓶射向蜂箱，自动转化为蜂蜜瓶后掉入漏斗收集系统。此装置需定期补充玻璃瓶，并保证蜜蜂有充足的花粉来源。
