矿车与运输船的协同操作是资源采集效率提升的核心机制。工程船与运输船的编组需要通过联络站系统实现，玩家需先在星际地图定位同盟占领的联络站，购买运输船后，在舰队管理界面将两者编入同一自定义舰队。这种组合能显著降低运输时间成本，因为运输船的仓储系统可大幅提升单次资源运载量，减少矿车往返基地的频率。需运输船需优先升级仓储容量模块，例如AC721型运输船未强化时单船容量为15000，加点后可达22200，这是优化运输效率的基础条件。
采矿编队的操作逻辑遵循采集-存储-转运三阶段原则。工程船负责资源开采并暂存于运输船，当运输船满载后会自动返回基地卸货，而矿车会继续作业。这种分工要求玩家在计划圈布置时，必须确保矿点、运输船航线与基地位置形成三角闭环，避免路径冗余。若基地已解锁支援功能，可消耗20点策略值快速派遣运输船增援矿点，但需注意该操作会清空策略值储备，需提前规划使用时机。运输船在编队中的数量建议控制在1-2艘，过多会挤占工程船人口容量影响采集速度。
金属作为基地升级的核心资源应占据运输船70%以上仓位，晶体和重氢按舰船生产线需求动态调整。杂质矿的附带采集虽不影响效率，但会占用仓储空间，建议在资源紧张时通过舰队指令手动清理。运输船在采集过程中可能遭遇星际海盗袭击，因此编队应避免经过高危星域，必要时可配置1-2艘护航舰，但这会进一步增加人口消耗，需权衡安全性与采集效率的平衡。
工程船的曲率引擎升级能缩短往返时间，而运输船的装甲改良可提升生存率。所有强化效果需舰队返回基地刷新后才能生效，正在执行采矿任务的编队不会实时更新属性。采矿平台科技树中的中级平台技术允许两艘工程船共采同一矿点，运输船配置需相应调整为3:1的数量比以匹配双倍采集速率。后期高级采矿平台虽能直接接收资源，但运输船仍是跨星系资源调拨的必要载体。
当基地遭受攻击时，运输船应优先撤离至前哨站暂存资源，避免被敌方截获。在同盟联合采矿行动中，多艘运输船可采用蛙跳战术交替转运，即A船卸货时B船继续运输，形成连续物流链。这种操作需要精确计算各矿点产量与运输船容量比值，过度集中运输力量会导致部分矿车闲置。运输船在非采矿时段可临时改装为物资中转站，在战略要地建立临时仓储节点，但会大幅降低其机动性。资源管理界面是监控运输效能的关键工具。玩家可通过仓储系统的实时数据流，追踪每艘运输船的周转率、单次运载量和损毁概率。当运输船往返周期超过矿车采集周期的三倍时，表明编队配置存在效率瓶颈，需追加运输单位或升级引擎技术。运输船的维护成本随使用频次递增，定期检查其耐久度可避免突发故障导致的资源链断裂。在星系地图开启物流视图模式，能直观显示所有运输船的活跃航线与负载状态，辅助进行宏观调度。
