神庙祈祷是解锁先祖灵魂并推进剧情的重要环节。玩家需先进入对应关卡地图的神庙，找到先祖石碑或特定光圈区域。靠近光圈后，游戏界面会出现祈祷图标，点击即可完成祈祷动作。若该关卡中已回顾过先祖记忆，祈祷后还能将先祖灵魂送回天际。这一过程需要玩家耐心探索地图路径，通常神庙位于各关卡的终点区域，例如雨林终点湖附近或暮土一图到二图的破旧小庙中。
以雨林为例，玩家需通过飞行赛道跟随蓝色光点指引，最终抵达云端神庙；而暮土的神庙则位于皮皮虾活动区域前的倒塌建筑内。进入神庙后，需先点亮先祖之碑的蜡烛，这是触发祈祷的前提条件。每个章节遇到的先祖只能在其对应章节的神庙进行祈祷，无法跨地图完成。部分隐藏神庙如禁阁浮岛群或树洞内部的神龛，需要特定飞行技巧或多人协作才能到达。
完成祈祷后，若系统提示需帮助先祖回归天际，说明该先祖尚未被完全解锁。需返回地图终点，在神庙石碑处跪坐触发剧情动画，待光圈完全亮起即可完成灵魂释放。这一机制与遇境星盘中的先祖召唤状态直接相关，未回归的先祖会显示为待解锁状态。暴风眼献祭与神庙祈祷属于独立系统，前者通过点亮石像获取升华蜡烛，后者则侧重剧情推进。
