主将和副将的搭配是提升战斗力的核心策略之一。主将必须满足特定条件才能解锁副将功能：主将等级需达到20级，且星级需提升至三星以上。这意味着玩家在前期需集中资源培养主力武将，优先使用经验书快速升级，否则无法解锁副将系统。主副将的兵种加成效果不同，实战中应根据兵种类型选择加成最高的统帅担任主将，以确保输出最大化。
副将的选择需与主将形成互补或强化效果。步兵系主将理查一世可搭配查理·马特作为副将，利用其防御天赋增强生存能力；骑兵系主将源义经则适合搭配曹操，发挥机动性和爆发优势。需注意副将的被动技能是否与主将的兵种或天赋匹配，例如李成桂的弓兵伤害加成被动在弓兵队伍中必须由主将触发。天赋点数的高低也会影响选择，高等级武将通常拥有更完善的天赋树，能提供更全面的战场增益。
攻城或防守时，主副将的定位需根据场景调整。防守型主将如孙武，其被动技能可提供全队减伤效果，适合在守城时担任主将；而集结进攻时，则应选择输出型主将搭配辅助型副将，例如关羽主将配西庇阿副将，兼顾伤害与续航。部分武将因技能机制特殊（如埃及艳后的资源采集加成），仅在特定场景下适合担任主将，需避免将其用于常规战斗。
对于平民玩家，紫将孙武是性价比最高的主将选择，其技能和天赋在前期即可发挥显著作用，搭配贞德或拜巴尔作为副将能有效降低养成压力。橙将中，远征商店兑换的埃塞尔弗莱迪是少数可通过免费途径觉醒的武将，适合作为主将培养。需注意副将系统解锁后，日常编队界面可直接配置副将，但需确保所有部队处于空闲状态，否则无法生效。
后期玩法中，主副将的搭配需结合联盟战和KVK等大规模战斗需求。野战阵容推荐主将理查配副将亚历山大，利用双步兵坦度与反伤效果；而集结车队则需主将 配副将武田信玄，强化骑兵突击能力。武将觉醒后，其觉醒技能往往能进一步优化主副将联动，因此优先觉醒核心主将至关重要。
