忍者选择的核心原则是兼顾战力压制与技能适配性。高爆发、连招稳定的忍者优先考虑，例如秽土转生系列或具备抓取技能的忍者，这类角色能快速终结对手并保持连胜状态。同时需注意忍者后摇动作较小且攻击范围广的特点，避免因技能僵直导致被反打。战力差异在该模式中不会被平衡，因此高战玩家可直接选择本命忍者，而低战玩家则应侧重拖延战术的忍者配置。
要塞战斗的机制要求忍者具备持续作战能力，因为每次战斗后血量不会自动回复。建议选择自带回复或护盾技能的忍者，如百豪纲手或拥有吸血被动的角色。奥义技能释放速度快、伤害判定范围大的忍者在残局中更具优势，能在关键时刻逆转战局。需避免选择依赖复杂连招或需要长时间蓄力的忍者，要塞环境的快节奏对抗往往不会给予这类角色发挥空间。
组织协作层面，成员间应统一忍者类型倾向。若组织主攻高阶要塞，推荐全员配置突进型忍者集中火力；若争夺多个低级要塞，则分散选择控制型忍者干扰对手。秘药系统可临时提升10%攻击、防御或生命属性，但需根据敌方阵容动态调整，例如面对高爆发对手时优先选择防御秘药。连胜积分加成机制下，合理保留关键技能应对后续战斗比单场胜利更重要。
最后需关注忍者与要塞特性的契合度。例如火之要塞地形狭窄，适合范围伤害忍者；而风之要塞多障碍物，则推荐具备位移技能的忍者。跨服要塞中由于匹配机制差异，建议携带反手能力强的忍者应对未知对手。忍者培养资源应优先投入要塞常用角色，但避免过度依赖单一忍者，以应对不同战局的需求变化。
