护卫艇通常分为前排防御型和中后排输出型两类。前排需优先选择高护甲型号如守护艇，用于吸收火力；中后排可配置高伤害型号如肯特艇或RB7导弹艇，侧重对敌舰载机或小型舰船的压制。编组时需注意指挥值分配，建议单支舰队配置3-5艘护卫艇，避免过度占用主力舰资源。护卫艇在舰队中的占比不宜超过30%，否则会削弱整体火力。
防御型优先升级护甲系统（如隐身涂层提升闪避率），输出型则强化武器冷却和伤害（如攻击间隔缩短）。技术点有限时，建议优先点满1-2个核心系统，而非平均分配。RB7导弹艇可优先强化对巡洋舰伤害加成，以弥补其基础伤害不足的缺陷。
护卫艇在战斗中需避免与敌方主力舰正面对抗，其最佳战术是迂回骚扰敌方舰载机或工程船。在舰队交战时，可命令护卫艇集火敌方护航艇或驱逐舰，利用数量优势快速削减敌方次级单位。若敌方航母编队强势，可派遣护卫艇突袭其舰载机库，干扰输出节奏。撤退时，护卫艇应优先撤离以保留战力。
当前版本中，护卫艇的强度受防空武器和舰载机克制影响较大。若敌方防空火力密集，需减少护卫艇数量或改用装甲型子型号提升生存能力。部分新版本护航艇（如鳐-装甲型）具备反导能力，可针对性配置以应对导弹驱逐舰。定期参考战报数据分析护卫艇战损比，及时调整编组。
